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郭亚：2003年至2008.7；夏云：2008.7-2014.5；聂鹰：2014.5-2017.6；余永强：2017.7至现今任安徽医科大学临床医学院党院长

学院始建于2003年5月，2003年经国家教育部和安徽省人民政府批准，在合肥市蜀山区经济技术开发区翡翠路15号创建安徽医科大学临床医学院。 2017年11月，遵照教育部26号令要求，由安徽医科大学与安徽新华集团投资有限公司合作举办安徽医科大学临床医学院。新校区地址为合肥市新站区相山路789号。

安徽医科大学临床医学院是安徽医科大学与合作者共同投资兴建、经教育部确认审批、按准办学成本收费、民办机制运行的独立学院。院址位于合肥经济技术开发区翡翠路15号，规划面积378.5亩， 设计规模满足4500名研究生、本科生学习、生活基本要求及教学、科研需求。配套同步建设1000张病床的安徽医科大学第二附属医院。学校同德国、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校开展了密切的交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展科研合作。学校成立了临床药理、皮肤病、卫生事业管理等65个省、校级研究所。

截至2019年12月29日，学校官网显，学院先后建立了基础医学部、临床医学系、卫生管理学系、护理学系、药学系、公共课程部、思想政治理论课教学研究部和生物医学系，设有临床医学、康复治疗学、医学影像技术、护理学、药学、生物医学工程和公共事业管理等本科专业。临床医学院2019年招生的本科专业为临床医学、康复治疗学、医学影像技术、护理学、药学、生物医学工程和公共事业管理。这几个专业都是具有良好发展前景，适应社会需求的传统专业。学生学完规定课程和实践、实习内容，经考核合格准予毕业，发放由教育部注册的安徽医科大学临床医学院毕业证书；学生毕业符合学位授予条件可申请安徽医科大学临床医学院的学士学位证书。2019年入学学生毕业符合学位授予条件可申请安徽医科大学临床医学院的学士学位证书。学院的教学楼、学生公寓、学生餐厅、标准田径场、足球场、篮球场、综合训练馆、乒乓球馆、艺体馆和计算机室、语音室、多功能报告厅等配备了现代化教学服务设施。安徽医科大学临床医学院将用优美的环境，一流的设施、严格的管理，为社会培养合格的高级医学人才。