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安徽医科大学为省属重点大学。前身是1926年5月创办于上海的私立东南医学院,郭琦元先生为第一任校长。.1930年1月，由国民政府教育部门批准，东南医科大学改称东南医学院。该院前身也可追溯到1918年成立的上海南洋医院和南洋医科大学，其由留日归国的顾南群先生任校长，后由郭琦元先生接任。1930年南洋停办，学生由东南医学院等接管。1937年7月，医院迁至上海法租界萨坡赛路。1949年底迁安徽省蚌埠市，次年1月16日，学校正式恢复上课。1952年，学院奉命迁入省会合肥。同年5月12日恢复上课，为省内第一座现代医学高等院校。1952 年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校位于安徽省会合肥市，校园环境优美，交通便利。
学院始建于1926年5月由郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大。2012年11月，入选教育部卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”试点高校。 [10] 2013年1月，成为国家级大学生创新创业训练计划入选高校。 [3] 2014年，入选安徽省第一批地方特色高水平大学。 2019年7月，国家卫生健康委员会下达首批委省共建重点实验室立项建设任务，由安徽医科大学第一附属医院生殖医学团队牵头的配子及生殖道异常研究实验室获批，系全省首个国家卫生健康委重点实验室。12月，发起成立长三角医学教育联盟。
截至2019年12月29日，学校官网显，校设有临床医学（“5+3”一体化）等33个本科专业。学校有在校全日制普通本科生12883 人，全日制研究生4130人，留学生434人，继续教育学生17091人。梅山路校区、翡翠路校区、东校区（在建）、巢湖校区、阜阳校区等5个校（院）区，校园占地面积2086亩。有直属教学机构16个，直属附属医院6所。非直属附属医院9所。学校有6所直属附属医院，9所非直属附属医院。第一附属医院、第二附属医院、附属巢湖医院医联体基本建成。第一附属医院入围“中国最佳医院80强排行榜”。第二附属医院荣获“全国百姓放心示范医院”称号。

安徽医科大学历任校（院）长：
程毅川：1978.2至1983.9；许建平：1983.10至1985.3；徐叔云：1985.4至1985.12；徐叔云：1985.12至1997.9任安徽医学院院长；夏英庭：1997.9至2001.12；张学军：2003.6-2014年3月；曹云霞：2014年3月—至现今任安徽医科大学毕业证。
李俊 ：2008年10月至今任党委书记；
江敏 ： 1998年至今任校党委委员，常务副校长；
孙爱和 ： 2007年至今任安徽医科大学党委委员、纪委书记；