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1965年6月，创建“保山半农半读卫生学校”，校址在保山城西南郊小梨园现址。
1965年5月，改为“保山专区卫生学校”。
1972年3月保山滇西干部疗养所撤销，房屋资产及所有人员归并入卫生学校，学校由小梨园迁至该所，地址位于保山城西太保山脚，小梨园原校址留作学校生产基地。同年7月，成立保山地区卫生学校革命委员会。
1978年11月，校名确定为云南省保山卫生学校。1981年，保山地委决定在卫校校址成立保山地区中医院，卫生学校迁往小梨园原址办学，并重新在小梨园扩建校园。1981年8月，经中共保山地委决定，保山卫生学校定为县处级单位，仍隶属于保山行署卫生局主管。
2000年开始先后与云南省电大联合开办临床医学专科班、“开放式”高级护理专科班、卫生事业管理本科班；与云南中医学院联合办学，建立了“云南中医学院滇西学院”，开办了中西医结合专科班；与大理学院继续教育学院联合办学，建立了“大理学院继续教育学院保山分院”，开办了临床医学专科班和临床医学本科班；与昆明医学院联合办学开办了临床医学“研究生课程班”。
2003年，护理专业被评定为全国首批示范专业，中医专业被评定为全省唯一骨干专业，同年9月，开始涉外招收留学生班。
2006年2月，国家教育部根据有关法律以及全国高校设置评议委员会的评议结果，同意在保山卫生学校的基础上建立保山中医药高等专科学校，9月，学校开始独立招收医学类普通大学专科学生，并根据社会需求，在今后一定时间内保留中专层次的招生和办学。2009年，学校由保山市主管变更为“省市两级共建共管以市为主”，并升格为副厅级单位。

李铭：2009.2-2016.9任保山中医药高等专科学校校长；陈林兴：2016.11-2019.7任保山中医药高等专科学校校长；殷建忠：2019.7-2020.1.19任云南保山中医药高等专科学校校长。

截至2020年1月19日，学校官网显示，教职工283人，其中专任教师258人，教授17名、副高职称人员54名、硕士研究生学位教师75名。有昆明医科大学博士生导师1人、硕士生导师1人。有国务院政府特殊津贴专家1人、国家中医药管理局“十二五”重点学科“中医人类学”学术带头人1名、云南省“万人计划”教学名师（云岭教学名师）1人、云南省高校教学名师6名、云南省名中医1名、云南省高校技能大师2名、云南省优秀青年中医3名、云南省有突出贡献优秀专业技术人才1名、省委联系专家2名，昆明市科技创新领军人才1人，永昌教学名师2名、市委联系专家1名、保山市技术创新人才3名、保山市学科带头人1名、保山市中青年学术和技术带头人5名、保山市有突出贡献优秀专业技术人才2人。

截至2020年1月19日，学校官网显示，现招生的有中医学、针灸推拿、中医骨伤、中药学、临床医学、护理、药学、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、康复治疗技术、医学影像技术、医学营养、老年保健与管理和助产等14个专业。与昆明医科大学、云南中医药大学、大理大学开展成人学历教育合作办学。开办有成人专科中医、临床医学、护理、中药和药学5个专业，合办成人本科中医学、中西医临床医学、中药学、针灸推拿学、临床医学、医学影像学、口腔医学、预防医学、护理学、康复治疗学、医学影像技术、医学检验技术和药学13个专业。学校

截至2020年1月19日，学校官网显示，学校新校区占地面积544亩，建筑面积近20万平方米，投资约10亿元，2017年3月正式投入使用。老校区保留部分占地面积11亩。现有固定资产总值29853.77万元（不含土地、房产），教学科研仪器设备总值7000余万元，馆藏图书27.54万册，年订阅期刊600余种。