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学院前身为省(部)级重点中专学校-;云南省热带农业工程学校，二OO四年七月经云南省人民政府批准，升格为云南热带作物职业学院。学院院部设在思茅市，在西双版纳景洪市设有西双版纳校区。学院占地10.2万平方米，校舍面积5.1万平方米，办学设施设备齐全。校内建有一定规模的热作、花卉、果树、茶叶、园林、旅游实习实训基地，在云南省热带作物研究所、国营景洪农场、思茅茶叶科学研究所、思茅果树良种场、思茅经贸运输集团公司、西双版纳金孔雀旅游集团等多家科研、生产单位建立了校外实习实训基地

历任校长：
孙远祥：2002.06-2008.12.16任云南热带作物职业学院院长；宋国敏：008.12.16-2014.06.12任云南热带作物职业学院院长。

截至2020年2月8日，学校官网显，云南农业大学热带作物学院（原名云南热带作物职业学院）。学院原主管单位为云南省农垦总局，2014年1月15日，云南省人民政府决定将云南热带作物职业学院划归云南农业大学管理，4月28日云南农业大学与云南省农垦总局签订移交协议，5月13日正式挂牌，更名为云南农业大学热带作物学院。云南热带作物职业学院，于2004年7月经云南省人民政府批准在云南省热带农业工程学校(学校创办于1960年，校名为云南省热带亚热带经济作物学校，1963年停办。1980年经云南省人民政府批准恢复办学，更名为云南省热带作物学校。1998年，云南省热带作物学校与云南省农垦管理学校合并，更名为云南省热带农业工程学校)的基础上组建，是全国唯一一所依托热区、面向全国、辐射东南亚，主要培养热带农业生产、管理、营销等技术应用型专门人才的高等职业院校，学院在风景秀丽、气候宜人的普洱市（院本部）和神奇美丽的西双版纳景洪市（校区）两地办学，学院占地152.5亩，2005年首次招生全日制大专生，2008年通过教育部规定的“高职高专人才培养工作评估”。

截至2020年2月8日，学校官网显示，学院设立热带作物技术系、园林工程与园艺技术系、旅游经贸管理系、人文科学与基础应用系、思想政治理论课教学部、成人教育教学部等6个教学系部和东南亚语教研室，建有云南省普洱市热带作物职业培训站和第149职业技能鉴定所、设备仪器先进的农产品质量安全检测站、茶叶清洁化生产线、茶艺室、咖啡审评室等，面向学生和社会开展农林、高新技术等行业的培训和鉴定。设有橡胶、咖啡、茶叶、中草药等12个研究所，对接产业开展技术服务。