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玉溪农业职业技术学院的前身是国家级重点中专玉溪农业学校，学校成立于1956年，1974年更名云南省玉溪农业学校； 1992年经省人民政府批准，玉溪农业学校增挂“云南省玉溪烟草栽培学校”牌子，实行“两块牌子，一套 班子”的管理体制。 1993年，被省政府认定为“省部级重点中专学校”，同年省政府批准建立“云南省玉溪烟草栽培学校”（合署）； 2000年，被首批认定为国家级重点中专； 2002年3月22日，升格为玉溪农业职业技术学院。 2005年7月，玉溪市委、市政府以玉溪农业职业技术学院为“龙头”成立了玉溪烟草职业教育集团。

历任校长：
杨继君：1995.02-2000.02任玉溪农业学校校长；陈志良：2000.06-2002.02任玉溪农业学校校长；陈志良：2002.05-2004.07任玉溪农业职业技术学院院长；陈文祥：2004.7-2011.02.04任玉溪农业职业技术学院院长；张正全：2012.07-2014.07任玉溪农业职业技术学院院长；董从华：2014.08.04-2020.02.08任玉溪农业职业技术学院院长。

截至2020年2月8日，学校官网显，学校有教职工252人，有教授5人、副教授61人、硕士88人、“双师型”教师114人、省级教学名师2人、省级教学团队2个，拥有在校生5000人。

截至2020年2月8日，学校官网显示，学院下设农林科学系、建筑与环境艺术工程系、动物科学系、经济管理系、信息技术与电气工程系及食品药品工程系6个教学单位，开设以农为主，农、工、商结合，文理并重的高职专业47个、五年制专科专业17个、中专专业12个。学院已经形成以全日制专科学历教育为主，成人本科、普通中专、短期培训等为辅的多层次、多渠道、多形式的办学格局。

截至2020年2月8日，学校官网显示，“十二五”期间，学院主持或参与完成各级各类课题43项，其中国家级课题2项，省部级课题30项，市级课题11项；获得科研成果奖励6项，其中国家专利1项，省部级奖励2项，市科技进步三等奖1项，市社会科学优秀成果二等奖1项；科技成果转化3项；发表科研论文326篇，其中科学引文索引（SCI）收录5篇，核心期刊128篇。