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2000年全国最早率先成立了也只有三所的挂靠二级动画学院，它们分别是北京电影学院动画学院，吉林艺术学院动画学院（现吉林动画学院），中国传媒大学动画学院（按时间成立排顺），在2000年也只有这三所学校有动画本科专业招生名额，因此它们为中国输送了第一代动画本科专业毕业生。吉林艺术学院动画学院成功的转设无疑是中国动画教育界和动画产业界的大事，也代表了在中国动画史上从此拥有了自己单体独立自主的动画学院。她的前身-;-;吉林艺术学院动画学院,是2000年6月由吉林省教育实业集团股份有限公司投资,与吉林艺术学院合作创建的新制二级学院。不久前,学院被国家教育部批准为独立设置的本科层次民办省属普通高等院校,属于省属普通高校系列（艺术类).成为全国320多家独立学院中首批被教育部批准转设的院校,也是全国1000多所本科普通高校中唯一一所独立设置的动画学院。吉林动画学院是全国唯一一所专门从事动漫教育的普通高等省属独立学院，同时被确定为国家动漫产业基地和国家动漫教学研究基地。2000年学院就提出了“坚持走学、产、研一体化人才培养道路”的办学理念。吉林动画学院作为全国唯一的一所独立设置本科层次的动画学院将努力建设成为国内和国际上具有知名度和影响力的一流动画学院。

现任领导：
徐永森：2000年05月至2000年11月；陈曦：2002年10月至2003年10月；张松林：2003年10月至2007年09月；赵立兴：2008年01月至2009年02月；郑立国 2009年02月至2014年03月任吉林动画学院院长；于庚蒲：2014年03月至2015年03月任吉林动画学院院长；郑立国：2015年03月至今现在任吉林动画学院院长。

截至2020年1月10日，学校官网显示，学校下设动画艺术学院、漫画学院、游戏学院、虚拟现实学院、设计学院、产品造型学院、电视与新媒体学院、电影学院、影视造型学院、文化产业商学院、民航学院、通识教育学院、马克思主义学院、国际交流学院、国际影视特效学院共15个学院，以及体育俱乐部、力行职业发展学院、动漫游美术基础部和设计广告基础部等，开设动画、漫画、数字媒体艺术、视觉传达设计等34个本科专业，其中动画专业位居同专业全国排名第一。现有本科在校生 12000 余人。

截至2020年1月10日，学校官网显示,学校不断提升技术创新支撑作用，全面促进教育、文化、艺术、技术、市场的有机融合，建有“现代动画技术吉林省高等学校工程研究中心”、“游戏与互动媒体技术吉林省高等学校工程研究中心”、“吉林省产学研合作示范基地”、“吉林动漫文化研究基地”，联合21所高校和企业创建吉林省动漫产业技术创新战略联盟。承担国家科技支撑计划项目、吉林省科技发展计划项目 115 项，获专利 10 余项。