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浙江省立女子产科学校创建于1925 年。鸦片战争后，英帝国势力渗入杭州，于1881 年在杭州创建广济医药专门学校（广济医专）。1925 年“五卅”惨案后，部分爱国的广济医专师生于本市刀茅巷脱离广济医专另立门户，后成浙江省立女子产科学校，郑企因任校长，这是学校之雏形。
抗日战争爆发后，杭州危急，学校于1937 年11 月迁至永嘉。1938 年8 月又迁至临海，后又至天台。 1946 年春学校回迁杭州，时设助产、护士、药剂、卫生四个专业。
1952 年下半年，学校更名为浙江省杭州卫生学校，学科设置发生了很大变动，助产科与护士科划出。 1956 年，我校迁至老浙大校址办学。1960 年9 月成立杭州医学院，中国科学院院长郭沫若为院牌题词。招收医疗系、卫生系、中医系及药专等新生，中专调整为药剂、检验、放射、卫生等四个专业。1962 年学校改为杭州卫生学校，不久卫生部把我校列为全国 8 所重点联系学校之一。后因文革停办（1971 至1974 ）， 1974 年 10 月复校后改名为浙江省卫生学校。
1981 年8 月省政府决定浙江省卫生学校、浙江省卫生干部进修学校合二为一，承担中专、干训任务。
1999 年12 月起经省政府批准独立筹建浙江医学职业技术学院。学校于2002 年9 月喜迁滨江高教园区，办学条件得到根本性的改善。
2003 年省卫生厅、省教育厅根据教高 [2002]4 号文件精神，将浙江医学职业技术学院定名为浙江医学高等专科学校。同年省政府办公厅向教育部申请批准浙江医学高等专科学校建校。
2004年经教育部批准正式建立浙江医学高等专科学校。

朱金元：1999.12-2000.08任浙江医学职业技术学院院长陈增良：2000.8-2002.7任浙江医学职业技术学院院长；陈增良：2002.7-2007.7任浙江医学高等专科学校校长；陈勇：2007.8-2013.05任浙江医学高等专科学校校长；赵峰：2013.5-2016.09.11任浙江医学高等专科学校校长；吕建新：2016.09.11-2020.02.17任杭州医学院院长。